SEQUENCE | { |
id | SET OF Seq-id |
descr | Seq-descr OPTIONAL |
inst | Seq-inst |
annot | SET OF Seq-annot OPTIONAL |
} |
CHOICE | { |
mol-type | GIBB-mol |
modif | SET OF GIBB-mod |
method | GIBB-method |
name | VisibleString |
title | VisibleString |
org | Org-ref |
comment | VisibleString |
num | Numbering |
maploc | Dbtag |
pir | PIR-block |
genbank | GB-block |
pub | Pubdesc |
region | VisibleString |
user | User-object |
sp | SP-block |
dbxref | Dbtag |
embl | EMBL-block |
create-date | Date |
update-date | Date |
prf | PRF-block |
pdb | PDB-block |
het | Heterogen |
source | BioSource |
molinfo | MolInfo |
modelev | ModelEvidenceSupport |
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
biomol |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tech |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
techexp | VisibleString OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
completeness |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gbmoltype | VisibleString OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
} |
ENUMERATED | { |
unknown | 0 |
genomic | 1 |
pre-mRNA | 2 |
mRNA | 3 |
rRNA | 4 |
tRNA | 5 |
snRNA | 6 |
scRNA | 7 |
peptide | 8 |
other-genetic | 9 |
genomic-mRNA | 10 |
other | 255 |
} |
ENUMERATED | { |
dna | 0 |
rna | 1 |
extrachrom | 2 |
plasmid | 3 |
mitochondrial | 4 |
chloroplast | 5 |
kinetoplast | 6 |
cyanelle | 7 |
synthetic | 8 |
recombinant | 9 |
partial | 10 |
complete | 11 |
mutagen | 12 |
natmut | 13 |
transposon | 14 |
insertion-seq | 15 |
no-left | 16 |
no-right | 17 |
macronuclear | 18 |
proviral | 19 |
est | 20 |
sts | 21 |
survey | 22 |
chromoplast | 23 |
genemap | 24 |
restmap | 25 |
physmap | 26 |
other | 255 |
} |
ENUMERATED | { |
concept-trans | 1 |
seq-pept | 2 |
both | 3 |
seq-pept-overlap | 4 |
seq-pept-homol | 5 |
concept-trans-a | 6 |
other | 255 |
} |
CHOICE | { |
cont | Num-cont |
enum | Num-enum |
ref | Num-ref |
real | Num-real |
} |
SEQUENCE | { |
refnum | INTEGER DEFAULT 1 |
has-zero | BOOLEAN DEFAULT false |
ascending | BOOLEAN DEFAULT true |
} |
SEQUENCE | { |
num | INTEGER |
names | SEQUENCE OF VisibleString |
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||
type |
|
||||||||||
aligns | Seq-align OPTIONAL | ||||||||||
} |
SEQUENCE | { |
a | REAL |
b | REAL |
units | VisibleString OPTIONAL |
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||||
pub | Pub-equiv | ||||||||||||
name | VisibleString OPTIONAL | ||||||||||||
fig | VisibleString OPTIONAL | ||||||||||||
num | Numbering OPTIONAL | ||||||||||||
numexc | BOOLEAN OPTIONAL | ||||||||||||
poly-a | BOOLEAN OPTIONAL | ||||||||||||
maploc | VisibleString OPTIONAL | ||||||||||||
seq-raw | StringStore OPTIONAL | ||||||||||||
align-group | INTEGER OPTIONAL | ||||||||||||
comment | VisibleString OPTIONAL | ||||||||||||
reftype |
|
||||||||||||
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||||||||||||||||
repr |
|
||||||||||||||||||||||||
mol |
|
||||||||||||||||||||||||
length | INTEGER OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||
fuzz | Int-fuzz OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||
topology |
|
||||||||||||||||||||||||
strand |
|
||||||||||||||||||||||||
seq-data | Seq-data OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||
ext | Seq-ext OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||
hist | Seq-hist OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||
} |
CHOICE | { |
seg | Seg-ext |
ref | Ref-ext |
map | Map-ext |
delta | Delta-ext |
} |
CHOICE | { |
loc | Seq-loc |
literal | Seq-literal |
} |
SEQUENCE | { |
length | INTEGER |
fuzz | Int-fuzz OPTIONAL |
seq-data | Seq-data OPTIONAL |
} |
SEQUENCE | { | ||||||||
assembly | SET OF Seq-align OPTIONAL | ||||||||
replaces | Seq-hist-rec OPTIONAL | ||||||||
replaced-by | Seq-hist-rec OPTIONAL | ||||||||
deleted |
|
||||||||
} |
SEQUENCE | { |
date | Date OPTIONAL |
ids | SET OF Seq-id |
} |
CHOICE | { |
iupacna | IUPACna |
iupacaa | IUPACaa |
ncbi2na | NCBI2na |
ncbi4na | NCBI4na |
ncbi8na | NCBI8na |
ncbipna | NCBIpna |
ncbi8aa | NCBI8aa |
ncbieaa | NCBIeaa |
ncbipaa | NCBIpaa |
ncbistdaa | NCBIstdaa |
gap | Seq-gap |
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||||||||||||||||||
type |
|
||||||||||||||||||||||||||
linkage |
|
||||||||||||||||||||||||||
linkage-evidence | SET OF Linkage-evidence OPTIONAL | ||||||||||||||||||||||||||
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||||||||||||||||||
type |
|
||||||||||||||||||||||||||
} |
SEQUENCE | { |
name | VisibleString OPTIONAL |
accession | VisibleString OPTIONAL |
release | VisibleString OPTIONAL |
version | INTEGER OPTIONAL |
} |
CHOICE | { |
local | Object-id |
ncbi | INTEGER |
general | Dbtag |
other | Textannot-id |
} |
CHOICE | { |
name | VisibleString |
title | VisibleString |
comment | VisibleString |
pub | Pubdesc |
user | User-object |
create-date | Date |
update-date | Date |
src | Seq-id |
align | Align-def |
region | Seq-loc |
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||||
align-type |
|
||||||||||||
ids | SET OF Seq-id OPTIONAL | ||||||||||||
} |
SEQUENCE | { | ||||||||||||||||||||
id | SET OF Annot-id OPTIONAL | ||||||||||||||||||||
db |
|
||||||||||||||||||||
name | VisibleString OPTIONAL | ||||||||||||||||||||
desc | Annot-descr OPTIONAL | ||||||||||||||||||||
data |
|
||||||||||||||||||||
} |